O Programa de Mestrado Profissional em Empreendedorismo da FEA-USP possue convênio (chamado de matricula cruzada entre os alunos do MPE-FEA e as instituições conveniadas) com as seguintes instituições:
ESPM (Escola Superior de Propaganda e Marketing)
FIA, (Fundação Instituto de Administração)
Mackenzie (Universidade Presbiteriana Mackenzie)