O planejamento do MPE FEA/USP é organizado nos seguintes pontos:
1) Apoiar o desenvolvimento de projetos de pesquisa com financiamento público e privado por parte do corpo de docentes do programa;
2) Estimular o desenvolvimento de projetos profissionais (eventos, publicações, consultorias, inovações, metodologias, etc.) visando intensificar a relação Universidade-Empresas na área de Empreendedorismo;
3) Fomentar a criação e o desenvolvimento de novas empresas (startups) por meio do Laboratório de Inovação e parcerias com incubadoras e aceleradoras;
4) Implantar métricas de impacto social do programa;
5) Estimular a qualidade e quantidade das publicações científicas dos docentes e discentes em periódicos de alto impacto. Incrementar a quantidade de produções de cunho técnico e tecnológico, com o incentivo para o registro da propriedade intelectual;
6) intensificar a internacionalização por meio de oferecimento de duplo diploma com universidade inserida na União Européia;
7) Melhorar a transparência e divulgação das atividades e ações do programa por meio de melhorias no respectivo site;
8) Fomentar e desenvolver o relacionamento entre os mestrandos (networking, trocas de experiências e conhecimentos, ideias, empreendedorismo, projetos...).
9) Mapeamento do perfil dos egressos.